Варуна, принадлежащий к классу Адитьев (особая группа небесных богов), теснейшим образом связан с Митрой – божеством, ответственным за соблюдение договоров. О том, что образ Варуны доиндийского происхождения, свидетельствуют аналогии между ним и хеттским морским богом Аруной, славянским Велесом и, в наибольшей мере, с иранским Ахурамаздой (Варуна и непосредственно упоминается, вместе с тем же Митрой, а также с Индрой, в договоре переднеазиатских царей середины II тысячелетия до н.э.). К концу 20 в. начала преобладать точка зрения, что прототип Варуны может быть обнаружен также в мифологии протоиндийской цивилизации. Хотя Варуна вместе с Митрой моделируют магико-правовой аспект существования космоса, Варуне в первую очередь приписываются магические функции, обладание чудесной силой майи, а также особая ответственность за функционирования мирового порядка-истины – риты. Его принадлежности к классу небесных богов не противоречит тесная связь с космическими водами: последние составляют как бы рамку мира, внутри которого осуществляется космический порядок. Варуна – божество ригористическое и вместе с тем способное к более близкому контакту с адептом, чем остальные божества ведийского пантеона. Целый цикл гимнов Ригведы посвящен его тесным взаимоотношениям с поэтом-риши Васиштхой: вначале Васиштха пользовался исключительной благосклонностью Варуны, но за один только проступок (в самих гимнах не упоминаемый) навсегда ее лишился и погиб мучительной смертью от водянки, которую наслал на него неумолимый бог (связанный с водной стихией).

В послеведийскую эпоху Варуна утрачивает свои позиции. Хотя он и становится одним из локапалов, чувствуется определенная дань его прошлому, и этот его статус никак не препятствует тому, что его подчиненное положение по отношению к верховным богам индуизма становится все более несомненным. Его связь с нравственно-регулятивными функциями космоса также все более стушевывается, а с водной стихией и хтоническим миром возрастает. Варуна соперничает, как с равными, с мудрецами-риши (сюжет похищения Варуной жены у риши Утатхьи по Махабхарате, завершившийся победой последнего), уклоняется от сражения с вторгшимся в его царство демоном Раваной, требует принесения в жертву сына щедрого и милостивого царя Солнечной династии Харишчандры, поет гимны Кришне, чтобы заслужить его благосклонность. В индуистской «иконографии» Варуна изображается с петлей в руке – в знак его бывших карательных функций.